Първата, макар и неръкоположена ръководителка на църквата, е майката на Йончо Дрянов – Сийка Дрянова. Жена със силна воля и голям потенциал, тя е привличала хората по улиците, за да чуят вестта за спасение. Заедно със съпруга си Никола те построяват салон в двора на къщата си, където стават първите събирания на младата църква. Сийка ръководи църквата цели 17 години, като оставя след себе си невероятен пример на християнски характер и посвещение.

По време на тоталитарния режим, синът й Йончо Дрянов – вече пастир на църквата, е хвърлен за 13 години в затвора. Осъждайки го, заедно с други пастири след показен лъжлив процес и обвинение –“американски шпиони” – властта “обезглавява” най-големите евангелски църкви.

Следват години на големи гонения и тормоз върху вярващите. Конфискуван е имота на църквата в центъра на града. Въпреки преследването дейността на Църквата не престава и богослуженията продължават в края на града.

Най-големият растеж на църквата е през годините непосредствено след идването на демокрацията в България: 1990-1993. Тогава, през 1992, старият имот в центъра на града е възстановен и е построена новата модерна сграда с около 600 седящи места. Църквата е част от световното Петдесятно движение „Асамблеи на Бога“ (Assemblies of God) – най-многобройното протестантско движение в света. В рамките на страната тя е член на Петдесятната Деноминация, регистрирана през 1928 г. под името Съюз на Евангелските Петдесятни Църкви в България. Всички основни Евангелски деноминации в страната са обединени под името Обединени Евангелски Църкви.

В Евангелска Петдесятна Църква Варна са служили пасторите: Йончо Дрянов , Йосиф Кокончев, Стойчо Стоев, Николай Кокончев, а понастоящем пастор е Мирослав Маринов.